به گزارش خبرگزاری برگزیده، روز شنبه ۵ خرداد ۱۳۵۸ آیت‌الله خمینی طی بیانیه‌ای نسبت به تعرض به روحانیت و معممین هشدار دادند. این بیانیه که به نوعی سنگ‌بنای دادگاه ویژه‌ی روحانیت را بنا نهاد، به (نقل از اطلاعات ۵ خرداد ۵۸ ص ۷) این شرح بود:
بسم‌الله‌الرحمن الرحیم
با آن‌که در اسلام برای مجازات مجرمین فرقی بین گروه‌ها نیست و همه در مقابل قانون برابر هستند و باید مجرمینی که با پوشیدن لباس روحانیت خود را در این صف وارد کرده‌اند به مجازات برسند، لکن به طوری که اطلاع می‌دهند عده‌ای مخالف اسلام و روحانیت در صدد هستند که با اسم تصفیه روحانیت را بکوبند و راه را برای ستمگران باز کنند. لهذا لازم است به تذکرات زیر توجه شود:
۱. نظر به این‌که روحانیون از حال معممین بهتر آگاه هستند در شهرستان‌ها به وسیله‌ی علمای اعلام درجه اول هیات‌هایی مرکب از سه نفر از اهل علم مورد وثوق و دو نفر از معتمدین محل تشکیل و ماموریت رسیدگی به پرونده‌های اشخاص به صورت روحانی یا اهل منبر را به آنان بدهند و پس از ثبوت جرم شرعا تحت نظر دادگاه انقلاب اسلامی به مجازات برسند.
۲. هیچ‌کس و هیچ گروه حق ندارد متعرض معممین بشود و به روحانیون اهانت کند و در صورت تخلف دادگاه انقلاب محل موظف است او را تعقیب و مجازات کند.
تذکرات فوق برای کوتاه کردن دست عمال اجانب است از حریم محترم روحانیت که می‌خواهند تا نیات فاسد خود و یا تز اسلام منهای روحانیت اسلام را که معارض منافع اربابان هستند بکوبند. ملت باید توجه به این‌طور فکر استعماری و حیله‌ی مغرضانه‌ی غربی داشته باشد و ملت شریف موظف است این اقشار خائن را در صفوف خود راه ندهد و در صورت تعرض به علما و روحانیون آنان را به دادگاه معرفی کنند.
والسلام علی من اتبع الهدی – ۲۲ جمادی‌الثانی ۹۹ – روح‌الله الموسوی الخمینی
۲۵۹۵۷