در طول سال‌های گذشته شاهد موارد متعددی از دور زدن وزارت امور خارجه توسط نهادهای مختلف دولتی و حکومتی بودیم که مشکلات زیادی را برای کشور در جهان ایجاد کرده‌است. کارشناسان و دیپلمات‌های پیشین معتقدند که وزارت امورخارجه باید مرجع واحد تشخیص منافع و امنیت ملی در روابط خارجی باشد. برای این موضوع دلایل مختلفی عنوان می‌شود که در ادامه برخی از این دلایل را بررسی می‌کنیم.
۱. مسئولیت و پاسخگویی: وزارت امورخارجه چه در داخل و چه در خارج از کشور نسبت به روابط خارجی مسئولیت دارد. در روابط بین‌الملل، کشورهای خارجی به ترتیب بالاترین مقام اجرایی، وزیر امورخارجه و سفیر جمهوری اسلامی ایران را مسئول پاسخگویی به تحولات و رویدادهایی که در روابط دوجانبه رخ می‌دهد، می‌دانند. در در داخل کشور هم مسئولیت پاسخگویی به تحولات روابط خارجه در مجلس شورای اسلامی و نهادهای دیگر، وزیر امورخارجه است. به همین ترتیب وزیر امور خارجه و نهاد تحت مدیریت او باید به تناسب مسئولیت‌هایی که دارند از اختیار برخوردار باشند.
۲. صدای واحد: قرار گرفتن مدیریت روابط خارجی در ید واحد، اجازه می‌دهد که دولت توانایی داشته‌باشد تا در نهادهای بین‌المللی، چندجانبه و همچنین در میز مذاکره با کشورهای خارجی، پاسخگوی عملکرد کشور باشد. در طول تاریخ چهاردهه‌ای روابط خارجی کشور، بارها مواردی مشاهده شده‌است که وزارت امورخارجه به دلیل ناآگاهی از اقدام‌های نهادهای دیگر در کشورهای دیگر، توانایی پاسخگویی به‌موقع و قاطع در مورد اتهام‌هایی که به کشور وارد می‌شود، نداشته‌است. فقدان مدیریت در روابط خارجی از سوی وزارت امور خارجه باعث می‌شود که در برخی پرونده‌ها صدای واحدی از تهران به گوش نرسد و از آنجا که برخی نهادها و ارگان‌ها انگیزه و اجباری برای هماهنگی عملکرد خود با وزارت امورخارجه نمی‌بینند، گاهی اوقات مواضع اعلانی وزارت خارجه با اقدامات اعمالی آن نهادها در کشورهای خارجی ناهماهنگ است.
۳. استراتژی سیاست خارجی: وزارت امور خارجه مسئول اجرای سیاست‌های ابلاغی نهادهای بالادستی، از جمله مقام رهبری، رئیس‌جمهور، شورایعالی امنیت ملی و مجمع تشخیص مصلحت نظام در روابط خارجی است. برای مثال وقتی در دوره دولت سیزدهم، شعار دولت اولویت همسایگان در روابط خارجی تعیین می‌شود، مسئولیت مدیریت این روابط برعهده وزارت امور خارجه است. به همین ترتیب وزارت امور خارجه تشخیص می‌دهد که اولویت‌های روابط خارجی را چگونه تنظیم کند که روابط با همسایگان رونق بیشتری پیدا کند. در این راستا گاهی ممکن است هر چند واردات یک کالا از کشور ثالث مزیت بیشتری داشته‌باشد، وزارت امورخارجه تشخیص دهد که در دورنمای وسیع‌تر روابط با کشورهای منطقه، بهتر است که این کالا از یکی از کشورهای همسایه وارد شود و چنین توصیه‌ای را در اختیار نهادهای دولتی و حتی بخش خصوصی قرار دهد. دنباله‌روی از این توصیه‌ها اجازه می‌دهد که پیشرفت در استراتژی کلی سیاست خارجی کشور تسهیل شود و استراتژی سیاست خارجی کشور نتیجه‌بخش شود.
۲۳۳۰۲
۴. حل مشکلات در سرزمین‌های خارجی: سفارتخانه‌های کشور در سرزمین‌های خارجی، تنها نهاد مسئول در مورد وضعیت شهروندان ایران در کشورهای خارجی، مشارکت در فرآیند رسیدگی به شکایت‌های حقوق از شهروندان و کسب‌وکارهای ایرانی و مشکلات مختلفی هستند که برای شهروندان و مقام‌های ایرانی در خارج از کشور رخ می‌دهد. به همین ترتیب بی‌اطلاعی سفارت‌های کشور از سفر هیئت‌های ایرانی به خارج از کشور باعث می‌شود تا امکان خدمات‌رسانی به این هیئت‌ها کمتر شود، در عین حال سفارتخانه‌های ایران در خارج از کشور می‌توانند اطلاعات ذی‌قیمتی در خصوص وضعیت عمومی کشور مقصد در اختیار هیئت‌های ایرانی قرار دهند و بازه زمانی سفر، موقعیت و جایگاه میزبان و مسائل دیگر را به اطلاع هیئتی که قصد سفر دارد، برساند.
۵. تشریفات و آشنایی با قوانین بین‌المللی: وزارت امور خارجه یک نهاد تخصصی است و بنا به مسئولیت‌هایش با بسیاری از رویه‌ها، تشریفات و قوانین و مقررات بین‌المللی آشنا است. نگرش تخصصی وزارت امور خارجه اجازه می‌دهد تا این اطلاعات را در اختیار مقام‌ها، نهادها و شخصیت‌هایی که قصد سفر یا مراوده با خارج از کشور دارند قرار دهد. اینکه یک مقام ایرانی باید با دعوتنامه مقام مشابه یا بالاتر به سفر برود، یا دیدارهایش با چه تشریفات و با چه مقام‌هایی انجام شود، دانشی است که در اختیار وزارت امور خارجه قرار دارد و می‌تواند آن را در اختیار ارگان‌ها و نهادهای دولتی قرار دهد. در عین حال، جزئیات و ادبیات اسناد بین‌المللی، موضوعی است که در تخصص وزارت خارجه است. برای مثال گفته می‌شود که ناآشنایی مقام‌های سازمان انرژی اتمی با ادبیات اسناد بین‌المللی در ابتدای دهه ۱۳۸۰ یکی از عوامل محکومیت ایران در آژانس بین‌المللی انرژی اتمی پیش از آغاز به کار تاسیسات غنی‌سازی نطنز بود و این اتفاق باعث شد تا شورایعالی امنیت ملی تصمیم بگیرد به دلیل تخصصی بودن حضور در نهادهای بین‌المللی، ماموریت اعزام نماینده به آژانس را از سازمان انرژی اتمی به وزارت امور خارجه منتقل کند.